Der Auslober, die bereits berufene Direktion des Museums, wünschte sich ein prägnantes Gebäude, das zum neuen Zeichen Danzigs werden könnte. Die Lage wurde demnach auch bewusst gewählt. Der Neubau soll auf einem heute als Busbetriebshof genutzten Grundstück entstehen. Es liegt unmittelbar am Radunia Kanal, der die Grenze zum Industriegebiet im Norden der Stadt markiert. Das Museum wird also genau zwischen der Altstadt und dem Werftgelände, der Geburtsstätte der Solidarność-Bewegung, geplant.

Mit 25 Metern war die Bauhöhe begrenzt. Denn der Neubau sollte die Elemente der Stadtsilhouette – Werftkräne, Großes Zeughaus und Marienkirche – in ihrer Wirkung nicht beeinträchtigen. Eine einzige Höhendominante von 40 Metern war jedoch erlaubt.

Im 12-köpfigen Preisgericht befanden sich unter anderem Hans Stimmann, Daniel Libeskind, der Londoner Museumsdirektor George Ferguson und Wiesław Gruszkowski, der das Wiederaufbaukonzept Danzigs in den 50er Jahren mitentwickelt hat.

Der erste Preis ging an das 1989 gegründete Büro Kwadrat aus der Nachbarstadt Gdynia. Zwei der Architekten lehren an der Technischen Hochschule in Danzig (Politechnika Gdańska). Zwischen dem Museumsgebäude und dem Kanal sieht ihr Entwurf einen öffentlichen Platz für Freiluftveranstaltungen und temporäre Ausstellungen vor. Die Materialität der Platzoberfläche und des Baukörpers haben die Entwerfer nicht konkret definiert, die Farbe Rot jedoch als eine Hommage an die Backsteinfassaden der Danziger Altstadt beschrieben.

Alle Ausstellungsräume ordnen die Architek­ten radikal unterirdisch an. Mit dieser Entscheidung folgen sie einerseits dem Auslobungstext, der ausschließlich künstliches Licht für die Ausstellung verlangte. Andererseits lassen sie symbolisch die Geschichte in der Unterwelt verschwinden. Auch Konferenz- und Projektionssäle legen sie unter die Erde. Oberirdisch ist außer dem seitlich anschließenden eingeschossigen Büroflügel, vor allem ein skulpturaler Turm mit einer verglasten Spitze zu sehen. Darin soll es außer dem Archiv und einer Bibliothek ein Restaurant und eine Aussichtsterrasse geben. Die Vorstellung eines Panoramablicks auf die Stadt hat die Jury angesprochen. Bei ihrer Entscheidung ließ sie sich offenbar auch vom Skulpturalen beeindrucken.

Der Zeitplan des auf rund 57, 5 Millionen Euro belaufenden Bauvorhabens wurde eng getaktet. Der erste Spatenstich ist für 2012 geplant.